Panel yöneticisi olan Prof. Dr. Ruşen Keleş konuşmasına, Ayasofya Müzesi'nin yapılışından günümüze kadarki tarihsel süreci hakkında ayrıntılı bir bilimsel değerlendirme yaparak başladı. Trabzon'da korunması gerekli kültür varlıklarının en özgün örneklerinden biri olan Ayasofya Müzesi'nin hem mimari özellikleri, hem de fresk ve diğer süslemeleriyle bölgenin en önemli yapılarından biri olduğunu vurguladı. Yapının, Anıtlar Yüksek Kurulu kararlarına dayalı olarak 1964 yılından itibaren anıt müze olarak işlevlendirilmesinin hem böylesine önemli bir kültür varlığının korunması, hem de kültür ve turizm açısından önemine işaret etti.

Konuşmacılardan ilk sözü alan Mimarlar Odası Genel Başkanı Eyüp Muhcu, Anadolu'nun kültür mirası zenginliği açısından uygarlık tarihinin bir tür açık hava müzesi niteliği taşıdığını, ülkelerin geçmişten devraldıkları kültür miraslarını koruyarak gelecek kuşaklara aktarmak gibi asli görevleri olduğunu belirtti. Bu bağlamda yapılan bazı yanlış uygulamalardan sözeden Muhcu, Türkiye'nin bu konuda altına imza attığı çok sayıda uluslararası sözleşme bulunduğunu, uygulayıcıların bu sözleşmelere uygun davranışlar sergileme konusunda gerekli duyarlılığa sahip olmalarının önemine işaret etti. Bu bağlamda, yaklaşık elli yıla yakın bir süre müze işlevini sürdüren ve Trabzon'la özdeşleşmiş bulunan Ayasofya Müzesi'nin işlev değişikliğinin Trabzon açısından önemli bir kayıp olacağı gibi, ülkemizin kabul etmiş olduğu uluslararası sözleşmelere de aykırılık oluşturduğunu vurguladı.

İkinci konuşmacı olan ve "Kültürel Miras Mevzuatı" konusunda akademik çalışmalarıyla bilinen ODTÜ Mimarlık Fakültesi öğretim üyesi Doç. Dr. Emre Madran, Türkiye'nin kültürel mirasın korunması ile ilgili olarak kabul etmiş olduğu uluslararası mevzuat bağlamında konuyu ele alarak değerlendirmelerde bulundu. Madran, dünyanın bugün eriştiği bilinç aşamasında kültür mirasının korunmasına büyük önem verdiğini, bu çerçevede çeşitli uluslararası kurum ve kuruluşlar tarafından çalışmalar yapıldığını, ülkemizin de bu çalışmalar sonunda hazırlanan çok sayıda uluslararası mevzuatı kabul ettiğini, bunlardan bir kısmının TBMM'de kabul edilerek yasalaştığını belirtti. Bu bağlamda, Ayasofya Müzesi'nin fonksiyon değişikliğinin yalnızca bazı iç idari kararlarla ele alınıp uygulanamayacağına değinen Madran, ülkemizin de kabul ettiği uluslararası mevzuat dikkate alınmadan yapılacak uygulamaların küreselleşen dünyada ülkemizin ciddi bir prestij kaybına neden olacağını vurguladı. Başka bir ifadeyle, Anıtlar Yüksek Kurulu'nun, Ayasofya'ya müze fonksiyonu verilmesi hakkındaki kararının gerekçesine de atıfta bulunan Madran, bu kararın görmezden gelinerek fonksiyon değişikliğine gidilmesinin iç hukukumuza aykırılık teşkil ettiği kadar uluslararası hukuka da ters düşeceğini, dolayısıyla yeni işlev konusunda herkesin gerekli hassasiyeti göstermesi gerektiğini ifade etti.

Panelin son konuşmacısı olarak söz alan Araştırmacı-Yazar Veysel Usta ise Ayasofya'nın tarihsel işlevi üzerinde değerlendirmeler yaptı. Ayasofya'nın fonksiyon değişikliği çalışmalarının yaşandığı günlerde kamuoyuna verilen, yapının Fatih tarafından 1461'deki fetih sırasında camiye çevrildiği bilgisinin gerçeği yansıtmadığını, fetih sırasında Trabzon'da yalnızca Ortahisar ve Yeni Cuma kiliselerinin camiye çevrilmiş olduğunu bilimsel verilere dayanarak ortaya koyan Usta, Ayasofya'nın 1572/73 yılında camiye dönüştürüldüğünü ifade ederek Trabzon kamuoyunun yanlış bilgilendirildiğini vurguladı. Başka bir ifadeyle, tapu kaydında Fatih Sultan Mehmet Han Vakfı'nın mülkiyetinde bulunan Ayasofya'ya ait bu kaydın Osmanlı Arşivi belgeleri ve Trabzon Kadı Sicillerine göre en erken 1800'lü yılların ortalarına ait olduğunu, fetihten 25 yıl sonra yapılan 1486 tarihli ilk Tahrir kaydında da Ayasofya'nın cami olduğuna dair bir bilginin bulunmadığını belirtti. Buna karşın yine Kadı Sicilleri üzerinde yapılan incelemeye göre Ayasofya Camii Vakfı adıyla ilk kayda 1631 tarihli bir mahkeme kararında rastlanmasının da Ayasofya'nın Fatih tarafından değil, fetihten 111 yıl sonra camiye dönüştürüldüğünü gösterdiğini belirterek, Ayasofya Camii Vakfı'nın temellükünde bulunan yapının muhtemelen 1800'lü yıllarda bu vakfın işlevsiz kalması üzerine Fatih Sultan Mehmet Han Vakfı'nın temellüküne geçmiş olduğunu ifade etti. Buna ilave olarak vakıfların hukuki statüsünün, vakfiye kaydı/kuruluş senedi ile belirlendiğini belirten Usta, Ayasofya'nın kim tarafından, ne surette ve hangi şartlarla camiye dönüştürüldüğünün kesin olarak ortaya koyulması için, sözkonusu yapıya ait vakfiye kaydı/kuruluş senedinin (İstanbul Ayasofya'sında olduğu gibi) kamuoyuna açıklanması gerektiğini belirtti.

1916 yılında yaşanan Rus işgali sırasında yeniden kiliseye çevrilmek üzere Rus bilim adamlarınca freskler üzerinde restorasyon çalışması başlatılan Ayasofya'nın daha sonraki yıllarda askeri depo, hastane vb. amaçla kullanıldığına vurgu yapan Usta, 1953 yılında yeniden cami işlevi kazanan Ayasofya'da, İstanbul'daki Amerikan Bizans Araştırmaları Enstitüsü Müdürü Ernest Hawkins tarafından yapılması öngörülen restorasyona ilişkin 1956 yılında bir fızibilite raporu hazırlandığını ve bu raporun ilgili makamlarca 1957'de uygun görüldüğünü belirtti. Bunun üzerine dönemin Milli Eğitim Bakanlığı ile İngiltere'nin Edinburg Üniversitesi arasında yapılan bir protokol çerçevesinde Michael Smith başkanlığında A. Powell, Robert Thomson ve David Winfield'den oluşan heyetle, 1957 yılı sonunda restorasyon çalışmasının başladığını ve yapılan çalışmalar hakkında dönemin Milli Eğitim Bakanlığı'na her 6 ayda bir gönderilen raporun, 1959, 60, 61, 62 yıllarında 5 rapor olarak Milli Eğitim Bakanlığı'na ait Türk Arkeoloji Dergisi'nde yayımlandığını vurguladı.

Panel konuşmacılarından sonra, DP iktidarında Ulaştırma Bakanlığı yapmış olan Arif Demirer'in oğlu, gazeteci-yazar ve hukukçu Mehmet Arif Demirer söz aldı. 1957 yılında 4. Menderes Hükümeti'nin Milli Eğitim Bakanlığı, Bayar ve Menderes'in onayı ve talimatı ile 1572/73 yıllarından itibaren cami olarak kullanılan yapının duvarlarındaki fresklerin restore edilmesi için Bizans tarihi ve sanatı konusunda büyük bilim adamı olan Talbor Rice'nin mensubu olduğu Edinburg Üniversitesi'nden bir heyetin çalışması hakkında Trabzon'daki Ayasofya ile ilgili bir karar aldığını vurguladı. Fresklerin ortaya çıkması nedeniyle binanın cami olarak işlevi ortadan kalktığından 1959 yılında kapatılan binanın 1964 yılında Ayasofya Müzesi olarak hizmete açıldığını, dolayısıyla Türkçe ezanı yeniden eski haline çeviren Menderes'in kapattığı tek caminin Trabzon'daki Ayasofya olduğunu ifade eden Demirer, 1934 yılında Atatürk'ün İstanbul Ayasofya için yaptığı gibi Menderes'in de böylelikle yalnız Türkiye'ye değil dünyaya bir kültür varlığı kazandırmak üzere Trabzon Ayasofya Camiinin müzeye dönüştürülmesini başlatan kişi olduğunu vurguladı. Son olarak da ezan yasağını kaldıran, İmam Hatip Okullarını açan, Ankara'daki Kocatepe Camii için 1957 yılında kişisel olarak 100 bin lira bağış yapan, iktidarı döneminde yılda 2 bin cami yapılan Menderes, eğer kiliseden dönme caminin müzeye dönüştürülmesi yönünde hazırlıkları başlatmışsa mutlaka doğru olanı yapmıştır diyerek konuşmasını tamamladı.